Баскетбольный клуб «Химки» был образован 5 января 1997 года. Главным тренером и генеральным директором «Химок» стал один из инициаторов его создания заслуженный тренер России Сергей Елевич, проработавший в структуре клуба до 2007 года. Уже через два года после своего образования команда пробилась в элиту российского баскетбола. В 1999-2002 годах «Химки» закрепились в числе ведущих клубов страны, получив путевку в европейский Кубок Корача.
В сезоне 2002-2003 подмосковная команда, продемонстрировав эффектную игру, совершила качественный скачок вперед, заняла в чемпионате России четвертое место и впервые в своей истории преодолела групповой этап еврокубковых соревнований — Кубка чемпионов ФИБА.
На международной арене химчане совершили настоящий прорыв в сезоне 2004-2005. В Лиге ФИБА-Европа желто-синие заняли первое место на групповом этапе, одолели в четвертьфинале действующего на тот момент победителя турнира казанский УНИКС, пробились в «Финал четырех» и завоевали бронзовые медали! В этом же сезоне за первую команду дебютировал защитник Виталий Фридзон, ставший лидером и символом «Химок» на долгие годы.
В апреле 2006 года в Химках на высоком организационном уровне прошел «Финал четырех» Кубка России, а осенью в жизни «Химок» произошло знаменательное событие. Подмосковному коллективу — первому из российских — довелось помериться силами с представителями НБА, клубом «Лос-Анджелес Клипперс». БК «Химки» как вице-чемпион России был включен в престижный проект — турнир «NBA Europe Live Tour».
В январе 2007 года главным тренером БК «Химки» стал известный литовский специалист Кестутис Кемзура, генеральным директором был назначен Виктор Бычков. В сезоне 2007-2008 химчане выиграли первый трофей в своей истории — Кубок России. «Финал четырех» Кубка проходил в казанском «Баскет Холле». В первом полуфинальном поединке желто-синие встретились с московским «Динамо» и в упорной борьбе взяли верх. В финале команда не просто победила, а разгромила столичный ЦСКА с перевесом в 18 очков! Лучшим защитником турнира был признан Антон Понкрашов, лучшим легким форвардом — Келли МакКарти, а самым ценным игроком — Мачей Лампе.
Летом 2008 года БК «Химки» взорвал европейский трансферный рынок. Новыми членами подмосковной команды стали Олимпийский чемпион-2004, бронзовый призер Олимпиады-2008 Карлос Дельфино и серебряный призер Олимпийских игр-2008, чемпион мира-2006 Хорхе Гарбахоса. В декабре 2008 года клуб возглавил известнейший итальянский специалист Серджио Скариоло. Под его руководством в 2009 году наш клуб пробился в «Финал восьми» Кубка Европы, где лишь в решающем поединке уступил команде «Летувос Ритас». В российском первенстве химчане также стали вторыми.
На высокие результаты подмосковной дружины и огромный интерес к команде со стороны любителей баскетбола обратило внимание руководство самого престижного европейского клубного чемпионата — Евролиги. Дебют химчан в этом турнире состоялся в сезоне 2009-2010. Еще до старта еврокубка клуб получил от руководства Лиги престижную бронзовую награду проекта УЛЕБ «Devotion Marketing Awards» («Лучшая маркетинговая программа»). В первом же поединке желто-синие обыграли именитый мадридский «Реал». Выйдя в стадию ТОП-16, химчане лишь в силу худших дополнительных показателей остались за бортом плей-офф.
Центрового «Химок» Тимофея Мозгова на проходящем в 2009 году в Польше чемпионате Европы специалисты окрестили главным открытием турнира. Тимофей попал на карандаш скаутов НБА и по окончании сезона 2009-2010 подписал трехлетний контракт с клубом «Нью-Йорк Никс». В феврале 2011 года Мозгов перешел в «Денвер Наггетс». На время локаута в НБА (сентябрь — декабрь 2011) воспитанник БК «Химки» возвращался в родной клуб.
Сезон 2010-2011 складывался для подмосковного клуба непросто. Серджио Скариоло у руля команды сменил сначала его ассистент Олег Мелещенко, а потом и он уступил бразды правления знаменитому литовскому специалисту, чемпиону Олимпиады-1988 Римасу Куртинайтису. Новому наставнику удалось в рекордно короткие сроки наладить игру команды. В результате, снова в Казани, и снова обыграв в решающем матче «Финала четырех» столичных армейцев, химчане завоевали свой второй в истории золотой трофей — Кубок Единой Лиги ВТБ! Виталий Фридзон был признан самым ценным игроком финального этапа турнира, а Крешимир Лончар — лучшим тяжелым форвардом.
В 2012 году химчане завоевали один из самых престижных трофеев Старого Света — Кубок Европы. Турнир финальной четверки прошел в Баскетбольном центре Московской области, так как Евролига доверила право проведение финального этапа нашему клубу. В полуфинале желто-синие переиграли питерский «Спартак», а в финале сломили сопротивление испанской «Валенсии». Самым ценным игроком Финальной стадии стал Зоран Планинич, лучшим тренером в истории Кубка Европы — Римас Куртинайтис. «Химки» получили право выступить в групповом этапе регулярного сезона Евролиги 2012-2013.
В прошлом сезоне химчане вновь стали серебряными призерами чемпионата России ПБЛ, однако самые громкие победы были одержаны в Евролиге. На первом и втором групповых этапах турнира «Химки» минимум по разу одолели всех своих соперников, грандов европейского баскетбола. Единственная команда, которую не смогли обыграть желто-синие, оказался будущий чемпион — греческий «Олимпиакос». В Единой Лиге ВТБ «Химки» беспрепятственно дошли до 1/2 финала, однако в бескомпромиссной серии до трех побед в пяти матчах уступили будущему обладателю трофея — московскому ЦСКА. По ходу сезона сменилось руководство клуба — президентом стал Дмитрий Голубков, а генеральным директором — Павел Астахов, как игрок, выступавший в свое время за БК «Химки».